两都的不同，主要看毕业后能去哪。机场运行控制与管理：毕业生可到机场规划、机场运行控制、场道养护、机场安全管理和非航空性经营管理等部门从事研究和管理工作。

民航运输管理：毕业生可以到机场或航空公司从事机场规划、机场运行现场指挥与地面服务管理、场道养护、机场安全管理和机场经营等方面的工作，也可以到（交通）民航机关、学校或科研院所等单位从事于民航相关的管理或教学科研工作。个人觉得后者就业面更广点