河海大学有3个校区，分别是校本部、常州校区、江宁校区。 1.校本部 位于江苏省南京市宁海路街道南京市鼓楼区西康路1号。 河海大学校本部位于南京市鼓楼区清凉山北麓，学校先后荣获全国部门绿化“三百佳”和江苏省“花园式高校”、“园林式单位”称号。

多次获得江苏省文明单位、江苏省党建思想政治工作先进集体称号。

校本区主要是博士生、研究生院和部分学院大三和大四的本科生。

2.常州校区 位于江苏省常州市晋陵北路200号。 1986年河海大学在江苏省常州市设立分校，后改为校区，常州校区是河海大学具有较完整办学功能的重要组成部分，是学校建设高水平特色研究型大学的重要支撑。

常州校区主要是二本的和一本机械专业的学生。

3.江宁校区 位于江苏省南京市江宁开发区佛城西路8号。 江宁校区临近将军山、秦淮新河，是南京新时期发展的前沿，并与东南大学、南京航空航天大学相邻。

江宁校区主要是能电、计信、商院、外院、法学、公管六个学院在。