明白你说的意思，是这样的，合并入工资中的资金也是因为该人的当月工资达不到个所税的起征点，才会合并的；如果已达到起征点，合并也要交个税。
我算了一下，应该是不同的。
比如说一个人的工资是1800，当月资金800，不考虑保险公积金的情况下。
当月个所税
=800-（2000-1800）=600*0.1=60.00元这是按年终奖是800元来计算的，
如果将800元合并入工资
=1800+800=2600
=（2600-2000）*10%-25=35.00元

这样就会看出来。
采用不同的计税方法，只要你能解释清楚，就可以。但员工是否有意思呢，也要考虑。

以上，仅供参考！

最新年终奖个人所得税计算公式2018

年终奖扣税计算公式有两种情况：
一种是，如果雇员当月工资薪金所得高于(或等于)税法规定的费用扣除额的。
适用公式为：应纳税额=雇员当月取得全年一次性奖金×适用税率-速算扣除数;
另一种情况是，如果雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额的。
适用公式为：应纳税额=(雇员当月取得全年一次性奖金-雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额)×适用税率-速算扣除数。
举例给大家说明：
案例一：甲的月基本工资5000元，年终奖发了3万元。在年终奖交税方面，先以3万元除以12，商数为2500元，与上表2比对，对应级数为2，该级数税率为10%，速算扣除数为105。由此，根据公式，3万元年终奖需交纳的个税为：30000×10%-105=2895元。
案例二：乙的月基本工资2000元(低于3500元)，年终奖也发了3万元。由于其月工资低于3500元，在年终奖交税方面有一定的抵扣。具体是用[30000-(3500-2000)]÷12，而不是直接30000÷12，获得商数2375元，再将商数与上表2比对，对应级数为2，该级数税率为10%，速算扣除数为105。由此根据公式，3万元年终奖需交纳的个税为：28500×10%-105=2745元，比案例一少交150元。