你好，我是去年重庆的考生，我们那也是实行的平行志愿。
你的问题在于没有理解“投档”的概念，投档又称调档，指各地招办根据考生分数和各大学在该地调档比例把考生档案投放给招生学校。意思是说你已经达到了该校在该地的投档线，才会被投送档案至该校。但并非所有被投档的考生都会被录取，一般投档人数：录取人数不超过1：1.2，假设为1：1.1，那么理论上投档110人就有10人被退档，被退档后即使是平行志愿也只有参加下一个批次的录取了，比如被一本院校退档，就只有参加二本录取了。
所谓平行志愿，是只各志愿间没有分数级差，A志愿没达到调档线就看B志愿，此时B志愿不会加上分数差来比对。如果按照以前的录取方式，例如某生考了640，第一志愿北大调档线650上不了，再看第二志愿浙大调档线630，直接比当然能投，但由于一二志愿不平行，假设级差为30分，那么相当于在浙大的调档线上加了30分=660来跟他的640比较，这就上不了。正因如此，即使是清华或北大填到第一志愿，为了保险，第二志愿一般都是川大之类的分低一大截的院校。
再说退档的问题，如前例，虽说理论上有10人会被退档，但院校实际执行时不会如此残忍，只要你服从调剂，退档的可能性几乎为0，120%就按120%招收。所以你大可不必担心！
我去年对这些概念也是纠结了很久，希望能帮到你。（注意虽然院校志愿间没有级差了，但你所报该校的不同专业志愿还是有可能有级差，一定要认真阅读该校的招生简章）