学院下设10个系和2个中心：信息管理与信息系统系、工业工程系、会计系、工商管理系、公共管理系、财政税务系、金融系、国际经济与贸易系、系统科学系、交通系统工程系上海专科学校，专业学位教育中心、高级管理者培训与发展中心。另设有上海系统科学研究院、中国机械工业会计审计研究中心、教育部国别和区域研究中心-中国周边经济研究中心、上海市工程管理学会、上海市人民政府发展研究中心—上海理工大学“基于互联网+的上海创新发展”决策咨询研究基地、上海高校人文社会科学重点研究基地——上海理工大学电子商务发展研究院、企业创新能力研究中心、超网络研究中心、复杂系统科学研究中心、创业教育研究中心等研究机构。2016年上海专科学校，学院获批“十三五”上海民政科研基地。

学院已实现多类型、多层次办学模式。学科涉及四个学科门类：管理学门类下的管理科学与工程、工商管理、公共管理3个学科；经济学门类下的应用经济学1个学科；理学门类下的系统科学1个学科；工学门类下的交通运输工程、系统工程2个学科。

学院设有11个本科专业（信息管理与信息系统、管理科学、工业工程、工商管理（中美合作）、会计学、公共事业管理、金融学、税收学、国际经济与贸易、人工智能、交通工程），一级学科博士学位授权点2个(管理科学与工程、系统科学)，一级学科硕士学位授权点4个（应用经济学、公共管理、工商管理、交通运输工程），专业学位类别硕士学位授权点11个（工商管理硕士、公共管理硕士、工程管理硕士、国际商务硕士、金融硕士、会计硕士、税务硕士、交通运输硕士、工业工程、项目管理、物流工程），博士后流动站2个(管理科学与工程，系统科学)。