应该说是没有所谓最好专业的。

1．复旦大学（“985”工程与“211”工程重点高校，教育部, 本科）：复旦是精品办学，每一个专业都争取做到最好。可以告诉你，目前校内的热门专业有经济学院（金融学等），管理学院（统计学等），新闻学院，数学科学学院和上海医学院的临床医学八年专业。对于理科而言，复旦的老牌强势专业有生物、数学和微电子，名气比较大。 
2．上海交通大学（“985”工程与“211”工程重点高校，教育部，本科）： 分数最高的是信安、微电子、管院、软件学院，最老牌规模最大的是电院、机械、船院、医学院
3．同济大学（“985”工程与“211”工程重点高校，教育部，本科）： 城市规划
4．华东师范大学（“985”工程与“211”工程重点高校，教育部，本科） 心理&生态
5．华东理工大学（“211”工程名单重点高校，教育部，本科） ：华东理工大学国家重点专业(3个)
化学工程,生物化学,应用化学
6．东华大学（“211”工程名单重点高校，教育部，本科） ：全国专业排名第一的有两个专业，分别是服装设计与工程和纺织工程。
7．上海财经大学（“211”工程名单重点高校，教育部，本科）： 会计专业
8. 上海外国语大学（“211”工程名单重点高校，教育部，本科） ：论学术方向，英语、俄语一类的老牌专业最好；论就业，各种复合型专业很强势，日语和葡萄牙语也很不错；喜欢体验国外文化，可以选择比较稀少的小语种，有机会全班出国交流。但是稀少的小语种就业方面限制比较明显
9．上海大学（“211”工程名单重点高校，上海市，本科）： 自动化
10.华东政法大学（上海市，本科） ：刑法、民法、经济法是最热门的三大专业，若是英语好的话也可以尝试国际法