有平潭大学和平潭海洋大学。

平潭海洋大学是福建省筹建中的一所公办综合性大学，拟设校址于福建省平潭综合实验区，拟采用福建省人民政府与国家海洋局共建的模式。国家海洋局将在人才培养机制、调整学科建设、布局重点平台建设、承担海洋学科专项研究、资源共享等方面给予支持。平潭海洋大学将以培养海洋新兴产业发展急需紧缺人才为重点，重点建设海洋科学类、水产类和海洋工程类等学科群，适度发展信息工程类、能源类、文化创意类、旅游类、医药类等相关支撑学科专业，逐步形成海洋学科优势明显，相关学科交叉融合的多科性大学。

福建福州市平潭大学城有厦门大学、华侨大学等9所高校。

福建海峡学院已经达成初步合作意向，由福建师范大学、台湾世新大学、台湾东森国际股份有限公司、平潭综合实验区管委会共同创办。其他两个学院建设正和台湾高校商谈中。

平潭大学城目前只有一所真正意义的大学，即福建信息职业技术学院海峡旅游学院、数字创意学院。平潭综合实验区是2009年7月设立，2013年平潭综合实验区改为福建省直管，2022年平潭综合实验区提出将在10月动工兴建平潭大学城，目前为止，大学城仍只有一所高校。