发放年终奖应该单独作为一个月工资，计算征收个人所得税。在计算时，可以将年终一次性奖金除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数，发放当月不足扣除额的可以先补足扣除额后再进行计算。计算方法只能用一次，是自然年度。
例如：年终奖发了12500元，当月工资1100元，那么先补足扣除额500元，然后按12000元除以12个月为1000元，适用10%，应缴税款为12000*10%-25=1175元。

请问年终奖扣税是怎么算的

根据国税发[2005]9号《关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》规定：纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，并按以下计税办法，由扣缴义务人发放时代扣代缴：

　　A.先将雇员当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数。如果在发放年终一次性奖金的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，按上述办法确定全年一次性奖金的适用税率和速算扣除数。

　　B.将雇员个人当月内取得的全年一次性奖金，按本条A项确定的适用税率和速算扣除数计算征税，计算公式如下：

　　a、如果雇员当月工资薪金所得高于（或等于）税法规定的费用扣除额的，适用公式为：

　　应纳税额=雇员当月取得全年一次性奖金x适用税率-速算扣除数

　　b、如果雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额的，适用公式为：

　　应纳税额=（雇员当月取得全年一次性奖金-雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额）x适用税率-速算扣除数

　　在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税办法只允许采用一次。
　　税法没有对年终奖征税办法进行修订，应该采用新的费用扣除额及税率计算。