山东省财政厅下属9个事业单位7个驻有关市财政检查办事处，事业单位分别是：省财政科学研究所、省注册会计师协会、省财政信息中心、干部教育中心、集中支付中心、省财政投资评审中心、省财政票据管理中心、山东会计培训学院、机关服务中心；驻有关市财政检查办事处分别是：厅驻济南财政检查办事处、厅驻淄博财政检查办事处、厅驻烟台财政检查办事处、厅驻潍坊财政检查办事处、厅驻济宁财政检查办事处、厅驻临沂财政检查办事处、厅驻德州财政检查办事处。
省财政科学研究所
负责财政科研工作，编辑出版《山东财政研究》，承担财政学会秘书处日常工作等。
省注册会计师协会
依法承担注册会计师行业自律管理职责；组织实施注册会计师全国统一考试；组织对注册会计师的任职资格和执业情况检查，拟订并组织实施行业发展战略和规划；对行业会员的违法违规行为进行惩戒；组织实施注册会计师执业准则、规则；反映涉及行业的重大问题，依法维护会员合法权益；负责注册会计师、资产评估行业财务管理有关工作；受财政部门委托，负责起草有关经济鉴证类中介机构的地方性法规和规章；审核经济鉴证类社会中介机构与从业人员有关事务，监督和管理其业务工作；为有关经济鉴证类中介机构提供人事代理服务等。
省财政信息中心
拟订财政信息化建设发展规划；负责研究拟订财政信息化建设技术标准和管理办法；负责信息化建设技术协调和管理，承担财政业务应用系统开发、建设和运行维护工作；负责规划、建设和管理全省财政计算机网络体系和安全保障体系；承担信息资源开发与服务；负责厅机关信息技术基础设施及办公自动化设备运行维护工作；指导市县财政信息化建设等。
厅驻有关市财政检查办事处
受省财政厅授权，具体承担辖区内财政政策执行和与省级财政有关的收支活动的监督检查；在省财政厅领导下，实施对辖区内省级财政收支和省属企事业单位会计信息质量的监督检查，对国有资本收益分配、预算外资金管理使用情况以及社会审计机构的执业质量进行监督检查，依法查处违法违规行为等。