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药学院是安徽医科大学的二级学院，当然是公办的了。

安徽医科大学是安徽省办学历史最早的高等学校之一，是安徽省第一所高等医科院校。

拥有研究生学院、基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院、卫生管理学院、药学院、护理学院、马克思主义学院、生命科学学院、生物医学工程学院、第一临床医学院、第二临床医学院、巢湖临床医学院、国际教育学院、人文医学学院、继续教育学院、第五临床医学院、精神卫生与心理科学学院、法学院、临床药理研究所等20个直属教学机构以及安徽省转化医学研究院这一我省首个转化医学科学领域实体性研究机构。另有第一附属医院、第二附属医院、附属巢湖医院、省口腔医院（附属口腔医院）、附属阜阳医院等5所直属附属医院。