1、考试内容不同
交通部监理工程师不仅考监理理论知识（公共科目）还要考施工专业知识，专业性强，分公路监理工程师、水运监理工程师两种。
建设部监理工程师考纯监理理论考试，也考综合案例分析科目，跟专业知识水平的高低没有多大关系，关键是监理理论知识要掌握好。
2、从事行业不同
交通部监理工程师从事公路施工监理工作，其资质由交通部批准颁发； 建设部监理工程师从事工民建施工监理工作，其资质由建设部颁发。



3、专业要求不同
交通部监理工程师有专业监理工程师和监理工程之分，根据专业的不同，以公路为例又分为道桥、隧道、机电、经济等专业，通过理论知识和任一专业科目即可取得专业监理工程师证（可考多个专业），若再通过综合科目考试（案例分析）即可取得监理工程师证。
建设部监理工程师不分专业，不设专业监理工程师层次，大专以上，取得中级职称三年以上即可报考。
参考资料：搜狗百科-公路监理工程师
参考资料：搜狗百科-监理工程师