1、制定棉花加工企业的行业管理办法。按照《湖北省农产品加工企业增值税征收管理办法》和《农产品收购发票管理办法》的规定，结合棉花加工企业特点，制定《枣阳市棉花加工企业税收征管办法》，对税务登记、资格审批、日常管理、财务核算、纳税申报等关健内容作出明确规定。
2、建立棉花加工企业的基础数据模型。根据棉花加工企业的特点，采集收购用票量、生产耗电量、资金流动量、包装物成本、运费支出、皮棉产、销量、库存等关键数据指标，建立棉花行业税收征管数据模型，直接反映当期企业生产经营和税收管理情况。通过纳税人相关信息进行比对、预测和分析，确定纳税人实际税收负担，有效地防止纳税人利用收购发票进行虚开和经营业务的帐外循环。
3、税管员实地查验制度做到日常化。在棉花收购加工旺季，合理调配征管力量，让税收管理员不定期到企业进行实地查验，掌握每一户棉花加工企业基本情况，收购籽棉数量，生产加工能力，对库存以及销售进行核查登记管理，严格出入库管理规定，对收购发票的开具进行监控。对皮棉的销售严格执行实地查验制度，销货时必须填写《农产品加工企业出货验货单》，对销售的数量，运输车辆及司机进行登记备案。
4、建立棉花加工企业税收管理预警值。根据棉花收购加工企业的数据模型，设立预警税负，低于预警值税负的企业进行纳税
评估，从源头上做好监控，从籽棉的收购价格，设备生产能力、工人工资、电费、包装物消耗等到销售皮棉的价格，棉籽的价格等综合进行监控，以保证管理规范化。对达不到预警要求的，提请对其开展专项纳税评估，对涉嫌偷税的转交稽查部门进一步查处。
5、建立统一规范的票表帐册管理体系。对企业严格执行成本核算，健全帐目，必须建立库存明细帐、现金日记账、商品成本帐，严格履行仓库保管制度，记账要及时，购进籽棉要有过磅单，入库单，质检单，加工后要有入库单，销售要有出库单，必须通过银行决算。做到农产品收购发票、库存明细与实际库存相符；同时严格入账发票管理，非正式发票一律不得入账。对内部要建立专门的棉花加工企业管理台帐，包括资金周转、购销存、用电量等，并定期与企业进行核对。